L’idée d’établir un centre culturel franco-japonais dans la région japonaise du Kansai naît en 1926 alors que le poète Paul Claudel occupe, pour la dernière année, le poste d’ambassadeur de France au Japon. Avec Inabata Katsutaro, alors président de la Chambre de commerce et d’industrie d’Osaka, ils parviennent ensemble à réunir un groupe de Japonais francophiles qui rassemblent les fonds nécessaires à la construction d’un institut franco-japonais.
Sur la démarche claudélienne du « contenant japonais et du contenu français », la Société de rapprochement intellectuel franco-japonais assure la tutelle de ce nouvel institut construit grâce à des fonds japonais et dont le fonctionnement est assuré par le gouvernement français. L’Institut franco-japonais du Kansai est inauguré le 5 novembre 1927 sur le mont Higashi, à l’emplacement qu’occupe actuellement la Villa Kujoyama, sur les hauteurs de Kyoto.
Cependant en 1936, les activités de l’institut sont transférées près de l’Université de Kyoto, dont le quartier est alors en plein développement où il se trouve toujours aujourd’hui. Le bâtiment du mont Higashi, alors niché dans les montagnes, est laissé à l’abri des regards.
En 1986, le ministère des Affaires étrangères français décide de relancer un projet sur ce terrain. Il propose, étant donnée la nature de cette ville d’art et d’histoire, d’édifier un établissement singulier destiné pour la première fois en Asie, à accueillir des artistes et des chercheurs en résidence.
C’est ainsi que le 11 novembre 1986, la Société de rapprochement intellectuel franco-japonais décide de la construction, selon l’idée originelle de Paul Claudel, d’un « Centre franco-japonais pour les échanges et la création » grâce aux fonds du petit-fils de Inabata Katsuro. Sous les plans de Katô Kunio, ce centre deviendra l’actuelle Villa Kujoyama, inaugurée le 5 novembre 1992, dans un écrin de verdure.